Nel 26° secolo, Master Chief è l'unica speranza di salvezza per una civiltà spinta sull'orlo della distruzione dai Covenant, un'inarrestabile alleanza di svariate razze aliene impegnata nell'annientamento dell'umanità. In questo universo esistono armi di distruzione di massa create molto tempo fa che i Covenant stanno cercando di trovare e usare contro l'uomo. La missione di Master Chief è rintracciarle per primo per vincere la guerra.